@inproceedings{sebe-etal-2024-extraction,
title = "Extraction d`entit{\'e}s nomm{\'e}es d{\'e}crivant des cha{\^i}nes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais",
author = "Sebe, Cl{\'e}mence and
Cohen-Boulakia, Sarah and
Ferret, Olivier and
N{\'e}v{\'e}ol, Aur{\'e}lie",
editor = "Balaguer, Mathieu and
Bendahman, Nihed and
Ho-dac, Lydia-Mai and
Mauclair, Julie and
G Moreno, Jose and
Pinquier, Julien",
booktitle = "Actes de la 31{\`e}me Conf{\'e}rence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, volume 1 : articles longs et prises de position",
month = "7",
year = "2024",
address = "Toulouse, France",
publisher = "ATALA and AFPC",
url = "https://aclanthology.org/2024.jeptalnrecital-taln.30/",
pages = "422--434",
language = "fra",
abstract = "Les cha{\^i}nes de traitement d`analyses de donn{\'e}es biologiques utilis{\'e}es en bioinformatique sont une solution pour la portabilit{\'e} et la reproductibilit{\'e} des analyses. Ces cha{\^i}nes figurent {\`a} la fois sous forme descriptive dans des articles scientifiques et/ou sous forme de codes dans des d{\'e}p{\^o}ts. L`identification de publications scientifiques d{\'e}crivant de nouvelles cha{\^i}nes de traitement et l`extraction de leurs informations sont des enjeux importants pour la communaut{\'e} bioinformatique. Nous proposons ici d'{\'e}tendre le corpus BioToFlow ayant trait aux articles d{\'e}crivant des cha{\^i}nes de traitement bioinformatiques et de l`utiliser pour entra{\^i}ner et {\'e}valuer des mod{\`e}les de reconnaissance d`entit{\'e}s nomm{\'e}es bioinformatiques. Ce travail est accompagn{\'e} d`une discussion critique portant {\`a} la fois sur le processus d`annotation du corpus et sur les r{\'e}sultats de l`extraction d`entit{\'e}s."
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<title>Extraction d‘entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais</title>
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[Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais](https://aclanthology.org/2024.jeptalnrecital-taln.30/) (Sebe et al., JEP/TALN/RECITAL 2024)
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